Johannes Geffert kam als Sohn eines bekannten Bonner Organisten schon früh mit Musik in Berührung. Nach dem Kirchenmusikstudium in Köln, das der erst 22jährige mit Bestnote absolvierte, setzte Johannes Geffert seine Ausbildung in London bei Nicolas Kynaston fort. 1974 bis 1979 leitete er den Bach-Verein in Aachen (Gründung der Aachener Bachtage) und hatte einige Jahre das Kantorenamt sowie Organistenamt an der traditionsreichen Kreuzkirche in Bonn inne. Nach langjähriger Lehrtätigkeit an der Robert Schumann-Hochschule in Düsseldorf gibt Johannes Geffert seine Erfahrungen heute als Orgelprofessor an der Kölner Musikhochschule sowie in zahlreichen internationalen Meisterkursen und Studienwochen an junge Organisten weiter.

Seine erste Bach-Einspielung wurde 1977 von der Kritik als wegweisende Interpretation gerühmt. Gleichzeitig fand seine künstlerische Auseinandersetzung mit der Orgelmusik sowie Orgeltranskriptionen des 19. Jahrhunderts besondere Beachtung. Regelmäßig interpretiert Johannes Geffert auch neueste Orgelwerke wie u.a. die deutschen Erstaufführungen der Zyklen Faust und Hiob von Petr Eben. 1991 gründete er die Johann Christian Bach Akademie, mit der er als Solist und als Continuo-Spieler seiner Liebe für die historische Aufführungspraxis Raum gibt.